Pusat Penelitian Karet terdiri dari Kantor Pusat dan dua Unit Riset yaitu:
- Kantor Pusat di Sembawa-Sumatera Selatan
- Unit Riset Sungei Putih, Deli Serdang, Sumatera Utara
- Unit Riset Bogor Getas, Bogor-Jawa Barat dan Getas-Jawa Tengah
Dalam mengelola organisasi, Kepala Pusat Penelitian (Kapuslit) berkedudukan di Kantor Pusat dan mempunyai fungsi penentu kebijakan, koordinasi, supervisi, dan evaluasi program penelitian dan pengembangan, serta sentralisasi administrasi umum/SDM. Pada Kantor Pusat, Kapuslit dibantu oleh 3 (tiga orang) pejabat lapis dua yang terdiri atas Kepala Bagian Penelitian dan Pengembangan (Kabag.litbang), Kepala Bagian Usaha (Kabag. Usaha) dan Kepala Bagian Keuangan, SDM & Umum (Kabag.KSU).
Selain itu, Kepala Unit (Kanit), membantu Kapuslit dalam operasionalisasi program penelitian dan pengembangan serta pengelolaan aset di lingkup Unit Riset yang dikelolanya. Kapuslit dibantu oleh Satuan Pengendalian Interal (SPI) yang mempunyai fungsi melakukan pengawasan/pengendalian dan bertanggung jawab langsung kepada Kapuslit.
Para peneliti merupakan jabatan fungsional yang sesuai dengan penekanan program penelitian Kelompok Penelitian masing-masing. Pejabat fungsional peneliti mempunyai tugas menyusun rencana kerja, melaksanakan, mengevaluasi dan melaporkan hasil penelitian.